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calcul:cluster:exemples_batchs

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Un script à envoyer sur le cluster va contenir les instructions sous la forme

SBATCH

en debut de ligne du script (fichier.sh)

Ensuite on envoie le batch pour execution

cluster-head> sbatch fichier.sh

exemple 1: je veux 50 taches independantes, peu m'importe où elles vont s'exécuter

#!/bin/bash #SBATCH -n 50 cd repertoireousetrouvemes_affaires srun mon_executable

(recuperation du numéro de tache avec la variable d'environnement SLURM_PROCID)

exemple 2: j'ai un code qui demarre plusieurs taches MPI, chaque tache se divisant en 8 avec openMP

#!/bin/bash #SBATCH –job-name=cosmocmc # nombre de noeuds (machine) #SBATCH -N 4 # je veux les noeuds pour moi toute seule, je blinde les machines #SBATCH –exclusive # pour chaque tache mpi, elle spawne 8 threads (OpenMP), cosmomc attention num_thread dans .ini #SBATCH -c 8 #liste des noeuds alloues pour le job echo “On tourne sur: $SLURMNODELIST” # nombre total de noeuds echo “Soit $SLURMNNODES nodes.” # liste du nombre de CPU pour chaque noeuds echo “job cpu per node = $SLURMJOBCPUSPERNODE” # je ne sais pas combien j en veux, depends du nombre de CPUs sur les noeuds temp=echo $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE | sed s/\(//g | sed s/\)//g | sed s/\,/\+/g | sed s/x/*/g n=$1)

1)
$temp))
n=$(($n/8))

cd slurm_test/cosmomc_ias_dev/
source environnement
cd cosmomc

# la je dis que je veux $n taches MPI, il sait avec -c 8 plus haut, qu'il doit dispatcher # une tache pour 8 processeurs. mpirun -n $n ./cosmomc test_SZs.ini
''
calcul/cluster/exemples_batchs.1444902572.txt.gz · Last modified: 2015/10/15 11:49 by claude mercier