Un script à envoyer sur le cluster va contenir les instructions sous la forme
#SBATCH intructions
en debut de ligne du script (fichier.sh)
Ensuite on envoie le batch pour execution
cluster-head> sbatch fichier.sh
Quand le job est fini, ou s'execute, on peut voir la sortie dans le repertoire où on a lancé le job. Un fichier slurm-NNN.out contient la sortie (NNN numéro du job)
exemple 1: je veux 50 taches indépendantes, peu m'importe où elles vont s'exécuter
#!/bin/bash #SBATCH -n 50 cd repertoire_ou_se_trouve_mes_affaires srun mon_executable
(recuperation du numéro de tache avec la variable d'environnement SLURM_PROCID)
exemple 2: j'ai un code qui demarre plusieurs taches MPI, chaque tache se divisant en 8 avec openMP
#!/bin/bash #SBATCH --job-name=cosmocmc # nombre de noeuds (machine) #SBATCH -N 4 # je veux les noeuds pour moi toute seule, je blinde les machines #SBATCH --exclusive # pour chaque tache mpi, elle spawne 8 threads (OpenMP), cosmomc attention num_thread dans .ini #SBATCH -c 8 #liste des noeuds alloues pour le job echo "On tourne sur: $SLURM_NODELIST" # nombre total de noeuds echo "Soit $SLURM_NNODES nodes." # liste du nombre de CPU pour chaque noeuds echo "job cpu per node = $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE" # je ne sais pas combien j en veux, depends du nombre de CPUs sur les noeuds temp=`echo $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE | sed s/\(//g | sed s/\)//g | sed s/\,/\+/g | sed s/x/*/g` n=$(($temp)) n=$(($n/8)) cd slurm_test/cosmomc_ias_dev/ source environnement cd cosmomc # la je dis que je veux $n taches MPI, il sait avec -c 8 plus haut, qu'il doit dispatcher # une tache pour 8 processeurs. mpirun -n $n ./cosmomc test_SZs.ini
Exemple 3 : D'habitude je lance mes calculs en direct dans idl.
#!/bin/bash # je demande 1 noeud #SBATCH -N1 #informatif echo "On tourne sur: $SLURM_NODELIST" # idl va prendre autant de CPUs que disponibles # il lui faut un fichier de commandes à executer # (tout ce que vous taperiez si vous etiez devant) # soit le creer avant, soit le creer a la volée # dans ce job cat > fichier_commande_idl.bat <<EOF mk_an2star EOF idl fichier_commande_idl.bat # j'ai fini plus besoin du fichier.bat rm fichier_commande_idl.bat
Exemple 4: mes calculs doivent s'exécuter sur une machine avec coprocesseurs (K20 ou PHI)
#!/bin/bash ####### je voudrais phi ou gpu indifferemment #SBATCH -p copro ####### si on veut seulement gpu mettre -p K20 ####### si on veut seulement xeon phi, mettre -p PHI ####### mon code utilise une fois lancé 8 processeurs (multithreadé) #SBATCH -n 8 #SBATCH --job-name "test_copro" echo "On tourne sur: $SLURM_NODELIST" echo "nb procs: $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE" ############slurm ajoute des variables qui cachent les coprocesseurs #####CUDA_VISIBLE_DEVICES=NoDevFiles unset CUDA_VISIBLE_DEVICES unset GPU_DEVICE_ORDINAL cd ICL/CapsBasic make clean make ./capsbasic ./intelcaps ./capsbasic NVIDIA ./intelcaps NVIDIA
