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--- calcul:cluster:exemples_batchs [2015/10/15 11:36]
claude mercier
+++ calcul:cluster:exemples_batchs [2015/10/21 16:34] (current)
claude mercier
@@ Line 1: / Line 1: @@
-Un script à envoyer sur le cluster va contenir les instructions sous la forme
+**Un script à envoyer sur le cluster va contenir les instructions sous la forme \\
-#SBATCH
+#SBATCH  intructions\\
-en debut de ligne du script (fichier.sh)
+en debut de ligne du script (fichier.sh)**
-Ensuite on envoie le batch pour execution
+**Ensuite on envoie le batch pour execution**
-cluster-head> sbatch fichier.sh
+**cluster-head> sbatch fichier.sh**
-**exemple 1:** je veux 50 taches independantes, peu m'importe où elles vont s'exécuter
+Quand le job est fini, ou s'execute, on peut voir la sortie dans le repertoire où on a lancé le job.
+Un fichier slurm-NNN.out contient la sortie (NNN numéro du job)
-''#!/bin/bash
+**exemple 1:** je veux 50 taches indépendantes, peu m'importe où elles vont s'exécuter
+<code>
+#!/bin/bash
 #SBATCH -n 50
@@ Line 15: / Line 19: @@
 cd repertoire_ou_se_trouve_mes_affaires
-srun mon_executable''
+srun mon_executable
+</code>
 (recuperation du numéro de tache avec la variable d'environnement SLURM_PROCID)
@@ Line 21: / Line 26: @@
 **exemple 2:** j'ai un code qui demarre plusieurs taches MPI, chaque tache se divisant en 8 avec openMP
+<code>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --job-name=cosmocmc
+# nombre de noeuds (machine)
+#SBATCH -N 4
+# je veux les noeuds pour moi toute seule, je blinde les machines
+#SBATCH --exclusive
+# pour chaque tache mpi, elle spawne 8 threads (OpenMP), cosmomc attention num_thread dans .ini
+#SBATCH -c 8
+#liste des noeuds alloues pour le job
+echo "On tourne sur: $SLURM_NODELIST"
+# nombre total de noeuds
+echo "Soit $SLURM_NNODES nodes."
+# liste du nombre de CPU pour chaque noeuds
+echo "job cpu per node = $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE"
+# je ne sais pas combien j en veux, depends du nombre de CPUs sur les noeuds
+temp=`echo $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE | sed s/\(//g | sed s/\)//g | sed s/\,/\+/g | sed s/x/*/g`
+n=$(($temp))
+n=$(($n/8))
+cd slurm_test/cosmomc_ias_dev/
+source environnement
+cd cosmomc
+# la je dis que je veux $n taches MPI, il sait avec -c 8 plus haut, qu'il doit dispatcher
+# une tache pour 8 processeurs.
+mpirun -n $n  ./cosmomc test_SZs.ini
+</code>
+**Exemple 3 :**  D'habitude je lance mes calculs en direct dans idl.
+<code>
+#!/bin/bash
+# je demande 1 noeud
+#SBATCH -N1
+#informatif
+echo "On tourne sur: $SLURM_NODELIST"
+# idl va prendre autant de CPUs que disponibles
+# il lui faut un fichier de commandes à executer
+# (tout ce que vous taperiez si vous etiez devant)
+# soit le creer avant, soit  le creer a la volée
+# dans ce job
+cat > fichier_commande_idl.bat <<EOF
+ mk_an2star
+EOF
+idl fichier_commande_idl.bat
+# j'ai fini plus besoin du fichier.bat
+rm fichier_commande_idl.bat
+</code>
+**Exemple 4:** mes calculs doivent s'exécuter sur une machine avec coprocesseurs (K20 ou PHI)
+<code>
+#!/bin/bash
+####### je voudrais phi ou gpu indifferemment
+#SBATCH -p copro
+####### si on veut seulement gpu mettre -p K20
+####### si on veut seulement xeon phi, mettre -p PHI
+####### mon code utilise une fois lancé 8 processeurs (multithreadé)
+#SBATCH -n 8
+#SBATCH --job-name "test_copro"
+echo "On tourne sur: $SLURM_NODELIST"
+echo "nb procs: $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE"
+############slurm ajoute des variables qui cachent les coprocesseurs #####CUDA_VISIBLE_DEVICES=NoDevFiles
+unset CUDA_VISIBLE_DEVICES
+unset GPU_DEVICE_ORDINAL
+cd ICL/CapsBasic
+make clean
+make
+./capsbasic
+./intelcaps
+./capsbasic NVIDIA
+./intelcaps NVIDIA
+</code>

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